Весной 1914 года Ханжонков был награжден орденом Станислава 2-ой степени «за исключительно полезную деятельность на почве отечественной кинематографии». Многолетняя работа без отдыха расстроила здоровье Александра Алексеевича, ревматизм «поставил» его на костыли, и он выехал на лечение на Балтийское побережье. Но вскоре объявление войны вернуло его в Москву. «Весь кинорынок, от основания до вершины, был потрясен войной», - писал Ханжонков.
Вследствие закрытия границ прекратился приток новых зарубежных картин, что позволило отечественным кинопромышленникам начать расширять собственные постановочные базы. Многие кинопредприятия заявили о желании производить съемки военных действий. Монополию на военную хронику получил Скобелевский комитет, находившийся под покровительством царской семьи. Комитет направил на фронт своих операторов, которые снимали военные действия под наблюдением специально выделенных офицеров.
Все кинематографические фирмы в России так или иначе откликнулись на войну новыми картинами. Но очень скоро запас пленки, имевшийся в России, оказался исчерпан. К 1915 году цена на пленку повысилась в три-четыре раза. Это вызвало частичный кризис в русской кинопромышленности. Многие фирмы сократили работу, многие - временно приостановили ее. На рынке появился целый ряд спекулянтов-перекупщиков. Ханжонкову, связанному с итальянскими кинопредприятиями, удалось наладить для своих картин поставку пленки фирмы «Феррания».
Из мемуаров А.Ханжонкова:
«Я уступил директору одной из крупных киноорганизаций 1200 метров негативной пленки по 70 коп. за метр. Через неделю этот директор настойчиво просил меня, в случае запроса от ревизионной комиссии - на него в Правлении поступил «подлый донос» - подтвердить, что пленка продана по 1 р. 70 к. за метр. Удивительно то, что, получив отказ, он был не только огорчен, но и обижен».
Несмотря на потерю ряда зарубежных поставщиков, в первый год войны дела Акционерного общества шли хорошо. Не допущенный к съемкам боевых действий, Ханжонков занимался тыловой хроникой: открытие госпиталей, прибытие эшелона с ранеными солдатами, обучение новобранцев, отправляющихся на фронт. Он продолжает снимать игровые фильмы, в том числе и мультипликационные, выпускать учебные и научно-популярные картины. Продолжается строительство нового съемочного павильона в Москве на Житной и начинается выпуск нового киножурнала «Пегас». 
В редакционных статьях в № 1 за 1915 год так были определены его задачи:
От издателя «Вестника Кинематографии»:
«С ноября месяца с.г. нами прекращается издание «Вестника Кинематографии» и начинается издание нового журнала «Пегас», первый номер которого Вам при этом прилагается.
Задачи «Вестника Кинематографии» ограничивались узким кругом вопросов специально кинематографических. Это имело свой смысл прежде и потеряло теперь. Было время, когда кинематографии приходилось завоевывать себе положение в ряду других искусств и она поневоле держалась особняком. Сейчас же определилось для нее другое положение. Она вошла в тесную связь с литературою, театром и музыкою. И она создала себе столь широкую аудиторию, что заняла по значению второе место после литературы. Её вопросы могут получать теперь правильное освещение лишь при рассмотрении их в связи с вопросами других искусств. Вот почему мы нашли своевременным заменить журнал специальным журналом, посвященным вообще вопросам искусства».
От редакции:
«Европа переживает сейчас великие и чреватые последствиями события. В громе пушечной канонады, в грозных движениях армии решается судьба не одной нации. Напряженные усилия как могущественных, так и небольших народов направлены всецело и исключительно на организацию условий для достижения победы.
Наша родина, таящая в своих недрах неисчерпаемые источники силы и развития, стихийно организуется; и в этом деле могучего строительства и собирания народных сил, она руководится той же твердой и неизменной целью: все для победы.
Выступая в такое время с новым изданием, посвященным вопросам искусства, - мы отнюдь не уклоняемся от ответа на возможные упреки - в несвоевременности нашего начинания.
Да! ... Мы будем служить искусству, но это не значит, что мы отойдем от общего дела и общей народной заботы».
Ханжонкову даже удается наладить прокат импортных картин, главным образом итальянского происхождения. Огромные доходы обществу принес фильм «Кабирия».
Путь зрелища и путь красоты (Пегас, 1916, № 9-10):
«Почти одновременно, одна за другой, на русском экране прошли две итальянские картины: «Огонь» и «Кабирия». Обе картины - единственные, выдающиеся среди кинематографических постановок. Но каждая из них - в своем роде. Вокруг «Кабирии» мировая реклама создала целые легенды. Картина была провозглашена: - Невиданным до сих пор зрелищем.
Реклама, может быть в первый раз за время существования кинематографии, не уклонилась от истины. Успех «Кабирии» затмил славу памятных русской публике больших, тоже итальянских картин, как «Quo vadis», «Юлий Цезарь» - картин, которые еще недавно казались непревосходимыми по размаху и красоте постановки. Успех «Кабирии» явился триумфальным шествием молодого искусства светотворчества и поражением его недоброжелателей. И этот успех вполне заслуженный».
О Кабирии Габриэля Д´Аннунцио. (Пегас, 1916, № 4)
«С изумительным мастерством знаменитый поэт современной Италии развернул в своей картине красоту былых веков. История маленькой дочери римского патриция Батто - Кабирии, начавшись в Италии у подножия грозной Этны, в дальнейшем своем развитии переносит зрителя в Карфаген, Нумидию, Сиракузы, Египет и развертывает яркую ленту исторической жизни древних народов. Архимед, сжигающий небесным огнем корабли могущественного Рима, Ганнибал – «Меч Карфагена», Сципион Африканский, все это переплетено в причудливый, но исторически правдивый узор.
До настоящего времени кинематограф ни разу не подымался до такой широты и высоты художественного воссоздания.
Картина Кабирия в полном смысле слова - технически колоссальна».
Акционерное общество «А.А.Ханжонков и К°» активно занималось сбором пожертвований в «Московский Комитет по снабжению табаком и предметами первой необходимости воинов передовых позиций», а также в пользу «Лазарета для раненых воинов имени деятелей кинематографии», открытого по инициативе Ханжонкова.
Но уже 1915 год Ханжонков называет «годом утрат». Внезапная кончина режиссера В.Гончарова, много лет работавшего в фирме, стала началом целого ряда потерь. Из фирмы уходят режиссеры П.Чардынин и В.Старевич, большими гонорарами конкуренты переманивают ведущих актеров, которые пользовались наибольшей популярностью у зрителей. Здоровье Александра Алексеевича оставляло желать лучшего - полностью отдаваясь работе, он запустил свой хронический ревматизм и уже не мог передвигаться самостоятельно. Врачи настоятельно рекомендовали ему переехать на жительство в Крым.
Закончив строительство съемочного павильона на Житной улице в Москве (помещение представляет собой железный клепаный павильон с двойным остеклением, весьма внушительного размера: 24 метра длины, 16,36 м ширины, и 6,4 м высоты), Ханжонков принимает решение о создании новой съемочной базы на юге. Перепоручив дела в Москве своей жене Антонине Николаевне, он уезжает на постоянное жительство в Ялту. Создавать новую базу вместе с Ханжонковым отправляется режиссер Е.Бауэр и часть сотрудников фирмы.
Съемочный павильон на улице Житная
Большие планы и желание быстрее запустить в работу ялтинскую базу помогли Ханжонкову пережить новые удары судьбы – кончину верного соратника Е.Бауэра и прогрессирующую болезнь, приковавшую его к инвалидному креслу.
Ялта переходила то к красным, то к белым, а Александр Алексеевич продолжал снимать, стараясь оставаться вне политики.
Из мемуаров А.Ханжонкова:
«... была назначена большая съемка великосветского бала уже для новой картины. На этот бал, помимо участвующих артистов, были приглашены и многие из городских обывателей, обладавшие соответствующими костюмами и умеющие хорошо танцевать. Шла репетиция. Шикарные дамские туалеты смешивались с фраками и военными мундирами кавалеров... Вдруг распахивается внешняя дверь, и в ателье входят три вооруженных человека: первый был только с наганом, а сопровождавшие его двое, кроме того, с бомбами и пулеметными лентами.
Всякое движение прекратилось, все, замерев, ждали, что будет. Я, сидевший возле оператора на своем колесном кресле, при воцарившейся мертвой тишине объяснял вошедшим, почему здесь такое «сборище» и почему на этом сборище находятся люди в «белогвардейских» мундирах.
Объяснение мое было, видимо, вполне удовлетворительным, так как старший немедленно отпустил своих конвоиров и, отрекомендовавшись начальником войск Ялтинского района Нератовым, попросился остаться на съемке, так как он очень интересуется кинематографическим делом. С этого и началось наше знакомство с Нератовым, избавившее нас от целого ряда неприятных проформ, естественных при всякой новой власти, и принесшее нам немалую пользу».
Но к 1919 году производство пришлось закрыть. В охваченных Гражданской войной районах продавать фильмы было некому, пленки на новые фильмы не было, платить за работу сотрудникам было нечем. Осенью все имущество Ханжонкова - его московская кинофабрика, кинотеатр на Триумфальной площади и даже негативы фильмов - были национализированы новой властью. Из успешного предпринимателя он превратился в нищего.