В 1920 году А.Ханжонков вместе с женой и детьми покинул родину. Взяв с собой негативы фильмов, он рассчитывал на возобновление связей с прежними зарубежными партнерами, которые были прерваны войной.

В эмиграции он провел три года. В Константинополе открывает прокатную контору, предложив местным зрителям фильмы, снятые ранее на его фирме. Среди эмигрантов, а в городе их было много, успехом пользовался фильм «Воцарение Дома Романовых». Дела шли хорошо и вскоре Ханжонков расширяет дело - учреждает производственную компанию «Кинофильма». К новым постановкам он привлекает актеров МХТ, находящихся в городе на гастролях. Ханжонков задумал снять картины на сюжеты турецкой истории, демонстрировать которые предполагал в новом собственном кинотеатре. Проект так и не был осуществлен.

1921 год застал Александра Алексеевича на лечебном курорте в городе Бадене под Веной. Здесь он решает заняться звуковым кино. Выписав из Лондона и Берлина аппаратуру, Ханжонков с инженерами Куликовым, Синициным и Самохваловым, начинает производить эксперименты со звуковым кино. Он понимал, что будет трудно обойти конкурентов, которые начали работу в этой области раньше его, имели финансы и лучшие технические возможности, но все-таки рискнул начать новое дело. И снова неудача. Работы пришлось прекратить из-за недостатка средств.

В 1922 году Ханжонков со всей семьей переехал в Берлин. Он был избран почетным председателем Союза русских кинематографических деятелей в Германии. В 1923 году в Берлин прибыли представители акционерного общества «Русфильм». Они предложили Ханжонкову вернуться на родину и начать работать в советской кинематографии.

Ханжонков предложение принимает. Жена с детьми решили остаться за границей, а Александр Алексеевич в ноябре 1923 года прибыл в Москву. По случаю его возвращения московскими деятелями кино был устроен торжественный банкет. Наркома просвещения А.В.Луначарский поздравил Ханжонкова телеграммой: «Сердечно присоединяюсь к чествованию тов. Ханжонкова как замечательного деятеля русской кинематографии. Рад, что он вернулся, чтобы помочь Советской власти наладить кинодело. Жалею, что здоровье и обстоятельства не позволили мне принять участие в банкете».

Поначалу дела Ханжонкова складывались вполне благополучно: некоторое время он работает консультантом, а в марте 1925 года назначается заведующим производством «Пролеткино». Он с головой уходит в работу. Ему предстояло провести реконструкцию кинофабрики, которая была совершенно разорена, требовала капитального ремонта и полного переоснащения.

Из мемуаров А.Ханжонкова:
«В отношении организационного строительства фабрики залогом успеха работы является полное соответствие штата работников с фактической нагрузкой фабрики - это главное. Кроме этого, необходимо полное оборудование аппаратурой в широком смысле слова как ателье, так и подсобных мастерских; причем аппаратура должна быть вполне усовершенствованная - последние модели западноевропейской техники. Наши работники кино по своим качествам не только не уступают, но заведомо превосходят своих зарубежных товарищей. В принятой мною фабрике «Пролеткино» есть единственный и непоправимый недостаток - это ограниченность ее размеров, однако три режиссера, не мешая друг другу, смогут работать непрерывно. Работа в самом ателье задерживается получением заказанных осветительных приборов и всей аппаратуры».

В 1926 году в «Пролеткино» прошли аресты. Среди обвиняемых был и Ханжонков. Его обвинили в финансовых злоупотреблениях, но за недоказанностью вины отпустили. Однако он был лишен гражданских прав и возможности работать по профессии. Новую работу найти не удалось и в 1927 году Ханжонков уезжает в Ялту. Лишившись всех средств к существованию, он живет в одной из построек его бывшей кинофабрики, в небольшой комнатке с верандой.
Постоянная нужда и ухудшение здоровья вынуждают Ханжонкова обратиться письмом к председателю кинофотоуправления Борису Шумяцкому. То ли письмо возымело действие, то ли 15-летий юбилей советского кино, то ли просто повезло, но в 1934 году Ханжонков был реабилитирован и ему назначена персональная пенсия в знак признания прежних заслуг. Зимой 1937 года вышли его мемуары «Первые годы русской кинопромышленности».

В годы войны, прикованный к инвалидной коляске Ханжонков, оставался в Ялте. В 1943 году взять интервью у бывшего киномагната приехал специальный корреспондент одной из берлинской газеты.

«Я всю свою жизнь работал не для себя, а для дела, которое очень любил, которое сам построил и которое стало одним из передовых в России», - говорил Александр Алексеевич Ханжонков. Он скончался 26 сентября 1945 года в возрасте 68 лет.